这篇文章将为大家详细讲解有关如何使用python 读取dicom文件，文章内容质量较高，因此小编分享给大家做个参考，希望大家阅读完这篇文章后对相关知识有一定的了解。
目标：利用python读取dicom文件，并进行处理生成info.txt和raw文件
实现：通过pydicom读取dicom文件
代码：
import numpy
import pydicom
import os
# dicom文件所在的文件夹目录
PathDicom = '/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/'
# 筛选出文件夹目录下所有的dicom文件
lstFilesDCM = []
for dirName, subdirList, fileList in os.walk(PathDicom):
for filename in fileList:
if '.dcm' in filename.lower():
lstFilesDCM.append(os.path.join(dirName, filename))
# Get ref file
RefDs = pydicom.read_file(lstFilesDCM[0])
# Load dimensions based on the number of rows, columns, and slices (along the Z axis)
ConstPixelDims = (int(RefDs.Rows), int(RefDs.Columns), len(lstFilesDCM))
# Load spacing values (in mm)
ConstPixelSpacing = (float(RefDs.PixelSpacing[0]), float(RefDs.PixelSpacing[1]), float(RefDs.SliceThickness))
# save info.txt
info = ConstPixelDims + ConstPixelSpacing
f = open('/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/info.txt', 'w')
for n in info:
f.write(str(n)+' ')
f.close()
# According to location sorting
location = []
for i in range(len(lstFilesDCM)):
ds = pydicom.read_file(lstFilesDCM[i])
location.append(ds.SliceLocation)
location.sort()
# The array is sized based on 'ConstPixelDims'
ArrayDicom = numpy.zeros((len(lstFilesDCM), RefDs.Rows, RefDs.Columns), dtype=RefDs.pixel_array.dtype)
# loop through all the DICOM files
for filenameDCM in lstFilesDCM:
# read the file
ds = pydicom.read_file(filenameDCM)
# store the raw image data
ArrayDicom[location.index(ds.SliceLocation), :, :] = ds.pixel_array
# save raw
ds = ArrayDicom.tostring()
f = open('/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/1.raw', 'wb')
f.write(ds)
f.close()代码编写过程遇到的问题及解决方法：
Problem one: pydicom版本问题。
pydicom1.x中读取dicom文件调用pydicom.read_file(filename);
pydicom0.9中读取dicom文件调用dicom.read_file(filename);
Problem two:python中IO操作
(1) f = open(filename, mode)
其中filename为文件的路径， mode为操作标识符：‘r' 表示读， ‘w'表示写，‘a'表示既可读又可写，‘b'表示二进制文件。
(2) f.write(value)
其中参数value必须是字符串类型的。
python有哪些常用库python常用的库：1.requesuts；2.scrapy；3.pillow；4.twisted；5.numpy；6.matplotlib；7.pygama；8.ipyhton等。
关于如何使用python 读取dicom文件就分享到这里了，希望以上内容可以对大家有一定的帮助，可以学到更多知识。如果觉得文章不错，可以把它分享出去让更多的人看到。
