你程序中zfc.indexOf(m)用的不合适。
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你的目的是找出所有出现的可能，而indexOf(String)的效果是从头查找，所以这个循环很有可能会无限进行下去。
你应该是找到一次出现后，就从这次出现的下一个位置继续找，这样才能找到所有出现，并且不会重复。
indexOf是个多态的函数，有一个形态就可以做到这样：从指定位置开始查找，而不是开头。
indexOf(int, String)
你的那个for循环应该修改成这样：
int i;
for(i=zfc.indexOf(m);i!=-1;i=zfc.indexOf(i+1,m)){
System.out.println(i);
}
注意，这里假定的是"222"可看做"22"+"2"也可看做"2"+"22"。
如果希望在"222"中只查到一个"22"，则for循环为：
for(i=zfc.indexOf(m);i!=-1;i=zfc.indexOf(i+m.length(),m)){
Scanner input = new Scanner(System.in);
System.out.print("请输入一段字符：");
String s = input.next();
System.out.println("请输入要查询的字符串:");
String a = input.next();
int index = s.indexOf(a);
List ls = new ArrayList();
while (index = 0)
{
ls.add(index);
index = s.indexOf(a, index + 1);
}
for(Object i : ls)
{
System.out.print(i + " ");
}
for循环遍历即可、然后"XXX".equals(charAt(i))，用什么indexOf()和substring把简单的问题弄的那么复杂干嘛！
