在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：
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通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：
参数的用法介绍：
注意事项：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键
less命令重要的补充用法2 ：
参数用法：
less命令 不加参数 查看文件：
less命令加 -N参数 查看文件：显示行号
less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整
对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。
常见参数:
切记：用less命令，按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前：
排列后：
解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之，uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符
补充小知识 ：
清屏 ：control L
查看历史（输入过的）命令 ：history
cut 命令在 man 文档中的含义是 删除文件中每一行的指定部分 。其大意就跟 cut 单词本身的含义一样，是用来剪切数据的。
输出第二个字符
以逗号为分割符，截取第二部分
cut命令可以将一串字符作为列来显示，字符字段的记法：
例如：打印从第 8 个字符开始到结尾
本篇主题：详细学习介绍cat和cut命令
cat 是一个 文本文件****查看 和 连接 工具
语法结构：
$ cat [选项] [文件]
参数选项：
-A, --show-all 等价于 -vET
-b, --number-nonblank 对非空输出行编号
-e 等价于 -vE
-E, --show-ends 在每行结束处显示 $
-n, --number 对输出的所有行编号
-s, --squeeze-blank 不输出多行空行
-t 与 -vT 等价
-T, --show-tabs 将跳 字符显示为 ^I
-u (被忽略)
-v, --show-nonprinting 使用 ^ 和 M- 引用，除了 LFD 和 TAB 之外
--help 显示此帮助信息并离开
Cat主要有以下2大功能：
1、一次显示（查看）整个文件，cat后面直接接文件名。
$ cat filename
比如以下，查看profile文件， -n参数是显示 行
[root@localhost ~]# cat /etc/profile 注：查看/etc/目录下的profile文件内容；
[root@localhost ~]# cat -b /etc/fstab 注：查看/etc/目录下的profile内容，并且对非空白行进行编号，行号从1开始；
[root@localhost ~]# cat -n /etc/profile 注：对/etc目录中的profile的所有的行(包括空白行）进行编号输出显示；
[root@localhost ~]# cat -E /etc/profile 注：查看/etc/下的profile内容，并且在每行的结尾处附加 $ 符号；
cat 加参数-n 和nl工具差不多，文件内容输出的同时，都会在每行前面加上行号；
[root@localhost ~]# cat -n /etc/profile
[root@localhost ~]# nl /etc/profile
cat 可以同时显示多个文件的内容，比如我们可以在一个cat命令上同时显示两个文件的内容；
[root@localhost ~]# cat /etc/fstab /etc/profile
cat 对于内容极大的文件来说，可以通过管道 | 传送到more 工具，然后一页一页的查看；
[root@localhost ~]# cat /etc/fstab /etc/profile | more
2、cat 的创建、连接文件功能实例；
cat 有创建文件的功能，创建文件后，要以EOF或STOP结束；
[root@localhost ~]# cat linuxcat.txt EOF 注：创建linuxcat.txt文件；
如下图所示：
cat 还有向已存在的文件追加内容的功能；
[root@localhost ~]# cat linuxsir.txt EOF 注：我们向linuxcat.txt文件追加内容；
（注：这里发现被我写错了， EOF 写成了 OEF ，输出的时候要对应输出，咱不去究其原因）
cat 连接多个文件的内容并且输出到一个新文件中；
命令是：
[root@localhost ~]# cat name1 name2 name3 name4
注意： 其原理是把三个文件的内容连接起来，然后创建name4文件，并且把几个文件的内容同时写入name4中。 特别值得一提的是，如果您输入到一个已经存在的name4文件，会把name4内容清空。（****见文末例子****）
实例： 假设我们有sir01.txt、sir02.tx和sir03.txt ，并且内容如下；[root@localhost ~]# cat sir01.txt
123456
i am testing
[root@localhost ~]# cat sir02.txt
56789
BeiNan Tested
[root@localhost ~]# cat sir03.txt
09876
linuxsir.org testing
我想通过cat 把sir01.txt、sir02.txt及sir03.txt 三个文件连接在一起（也就是说把这三个文件的内容都接在一起）并输出到一个新的文件sir04.txt 中。
[root@localhost ~]# cat sir01.txt sir02.txt sir03.txt** **sir04.txt
[root@localhost ~]# **more **sir04.txt
123456
i am testing
56789
BeiNan Tested
09876
linuxsir.org testing
cat 把一个或多个已存在的文件内容，追加到一个已存在的文件中
[root@localhost ~]# cat sir00.txt
linuxsir.org forever
[root@localhost ~]# cat sir01.txt sir02.txt sir03.txt** **sir00.txt
[root@localhost ~]# cat sir00.txt
linuxsir.org forever
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i am testing
56789
BeiNan Tested
09876
linuxsir.org testing
警告：我们要知道********意思是创建，********是追加。千万不要弄混了。造成失误可不是闹着玩的；
cut是一个选取命令，就是将一段数据经过分析，取出我们想要的。一般来说，选取信息通常是针对“行”来进行分析的，并不是整篇信息分析的。
语法结构：
cut [-bn] [file] 或
cut [-c] [file] 或
cut [-df] [file]
选项参数：
-b ：以 字节 为单位进行分割。这些字节位置将忽略多字节字符边界，除非也指定了 -n 标志。
-c ：以 字符 为单位进行分割。
-d ： 自定义分隔符 ，默认为制表符。
-f ：与-d一起使用，指定显示哪个区域。
-n ：取消分割多字节字符。仅和 -b 标志一起使用。如果字符的最后一个字节落在由 -b 标志的 List 参数指示的br /范围之内，该字符将被写出；否则，该字符将被排除。
使用说明：
cut 命令从文件的每一行剪切字节、字符和字段并将这些字节、字符和字段写至标准输出。
如果不指定 File 参数，cut 命令将读取标准输入。必须指定 -b、-c 或 -f 标志之一。
上一篇中也说到cut的使用。
值得注意的是 '-' 表示的是一个区间， ‘,’ 表示的是单个字符
例子二： 以 ‘:’ 为分隔符，截取PATH环境变量第五个位置的字符
先来看看PATH变量存的内容是什么
[2013012974@teach shell]$ echo $PATH
/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:/home/2013012974/bin
截取的结果：
从上面的例子中可以看出，以':'为分隔符，第五个位置是/usr/local/sbin
好了现在清晰了，****Cat**** 和****Cut****你学到了没有？学到了分享一下啊!
cut命令的用法如下：
cut - 在文件的每一行中提取片断
在 每个文件 FILE 的 各行 中, 把 提取的 片断 显示在 标准输出.
-b, --bytes=LIST
输出 这些 字节
-c, --characters=LIST
输出 这些 字符
-d, --delimiter=DELIM
使用 DELIM 取代 TAB 做 字段(field) 分隔符
-f, --fields=LIST
输出 这些 字段
-n
(忽略)
-s, --only-delimited
不显示 没有 分隔符 的 行
--output-delimiter=STRING
使用 STRING 作为 输出分隔符, 缺省 (的 输出分隔符) 为 输入分隔符
--help
显示 帮助信息, 然后 结束
--version
显示 版本信息, 然后 结束
使用 且 只使用 -b, -c 或 -f 中的 一个 选项. LIST 由 一个 范围 (range) 或 逗号 隔开的 多个 范围 组成. 范围 是 下列 形式 之一:
N
第 N 个 字节, 字符 或 字段, 从 1 计数 起
N-
从 第 N 个 字节, 字符 或 字段 直至 行尾
N-M
从 第 N 到 第 M (并包括 第M) 个 字节, 字符 或 字段
-M
从 第 1 到 第 M (并包括 第M) 个 字节, 字符 或 字段
如果 没有 指定 文件 FILE, 或 FILE 是 -, 就从 标准输入 读取 数据.
