先声明一下，我也没做过GIS开发，但大概知道思路。有两条路可走
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一、使用esri系列
如果做C/S，使用ArcGIS Engine的插件与java的桌面集成，
如果做B/S，使用ArcGIS Server发布服务，用web service调用。
另外，地图的统计计算之类，如你说的，需要利用ArcGIS Desktop打包GP服务，然后用java调用。
二、使用开源系列
再有一些开源GIS开发工具，比如QGIS制图，GeoServer发布地图，postGIS地理信息数据库，Openlayers做地图接口
大概就是这样。
GIS
是
地理信息系统
，一般来讲是一套集数据显示、存储、分析等操作的
计算机程序
，当然GIS是基于并随着计算机技术发展而发展的。现在的GIS主要是分单机GIS，网络GIS和
移动GIS
。
Java是计算机编程技术，是用来构建应用程序或网站，分为JavaSE（标准版），JavaEE（企业版）和JavaME（移动版）。
你要说他们之间的关系，就目前现在应用而言，我觉得：其一，网络GIS可以用JavaEE技术来进行搭建。比如开发网站来加载显示地图数据，分析等等，像Google
Map。其二，基于Android进行Mobile
GIS的开发，因为Android开发是基于Java语言的，所以Java的优势就在于与Android的结合。比如
高德地图
java开发里最多的还是BS结构，java当然也可以做Gis的开发，我们公司就做了很多Gis的系统，就是用Java做的。现在又挺多开源的、收费的Gis框架。
一般情况下做CS结构的系统很少会用到Java的，Java做的比较多的是大型的网站系统、信息管理系统等等。Java的优势就是夸平台、速度快。
你想像Google地图、某城市的旅游地图、交通地图啊等等的，这些系统的客户会出现在不同的位置、使用不同的机器、系统，不可能让客户使用前去安装一个客户端，那样是笨拙的、不方便的，所以这些系统就会做成BS机构的，这时候用Java做就有优势了。
你说方不方便也是要看你做把地图做成什么程度了，像简单的拖拽、缩放、测量、定位、框选这些都很容易的，你要搞了复杂一些的话就要下些功夫去研究那些框架了。这方面深层的帮助文档好像不多，毕竟这方面的应用不是那么普及。
希望对您有帮助！
你的串号我已经记下，采纳后我会帮你制作
