准确上讲应该说是
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shell
脚本文件编程（当然了，在该
shell
脚本文件中也可以包含
linux
系统命令）。shell
脚本文件是一个文本文件，它是将你需要完成的各种复杂功能通过编写
shell
程序来实现。例如：模式匹配（awk）
、字符串替换功能（sed）等。在
awk
和
sed
等工具的使用中肯定需要使用正则表达式的熟练使用，而
linux
命令是指
linux
系统的基本操作命令，例如：ls
列出文件名命令、cat
filename、cd
改变子目录命令等等。这就是它们之间的区别。
沿着前面的轨迹，接下来是Linux中shell脚本的学习。这对于生信工程师后续处理大量 (海量更合适些) 数据是非常非常重要的，但是同样的，作为一个有点古板的人，对于"脚本"是什么意思我都死磕了好久。主要觉得有些抽象，尤其是跟生信的同事讨论项目分析部分的问题时，他们经常会说道这个词，在他们意识里这是个不言自明的术语，殊不知对外行人而言 (比如我)，那简直就是无情的"知识的诅咒"。经常是我假装听懂了，然后继续讨论下面的问题，形成一个模糊的印象。
百度上的解释是：脚本（Script）是一种批处理文件的延伸，是一种纯文本保存的程序，一般来说的计算机脚本程序是确定的一系列控制计算机进行运算操作动作的组合，在其中可以实现一定的逻辑分支等。不知道你能不能看懂，反正我开始的时候真是一知半解。
鸟哥私房菜的解释是：shell script是利用 shell 的功能所写的一个"程序"，这个程序是使用纯文本文件，将一些shell的语法与命令(含外部命令)写在里面，搭配正则表达式、管道命令与数据流重定向等功能，以达到我们所想要的处理的目的。不明觉厉，好像更看不懂了···
Jude 的简单粗暴大白话解释是：脚本就是Linux中很多命令按照一定规则的组合，以实现某个特定的功能。Linux中有很多简单的命令，往往只是进行了简单的对话，比如 cd 就是进入到某个目录，简单直接。但是如果我想进入某个目录A，然后在目录A中创建目录B，再在目录B中创建文本C呢？当然可以一步一步操作，如果想要一步到位呢，那就可以用脚本，把三个命令写在一起，一起执行。好像有点啰嗦···
或者从英语的角度去理解，脚本的对应英文是Script，而这个单词的中文释义中还有剧本的意思。剧本就好理解了啊，剧本就是导演(生信工程师)基于某个主旨(要实现的目标)按照一定的手法(规则)所写的一个故事。不管是哪个演员，都得按照剧本演。所以，学好英语对于生信也是有帮助的~
按照脚本的复杂程度可以分为：
这个无需多说，其实就是若干个简单命令的顺序排列，执行脚本后会按照命令的前后关系从前往后一一执行。
相对于简单的基本脚本，结构化的命令脚本可以施加逻辑流程控制，从而改变程序(命令)执行的顺序。基本脚本中的命令就是从上往下执行，但是结构化的命令脚本可以根据逻辑判断重复或者跳过某些命令。
常用的结构化命令(语句)有：
后面还有什么嵌套循环啊啥的，不过我觉得上面的7中命令学到家了，应该可以应付大部分在生信分析里面的应用了。
记得高中的时候，物理老师(也是班主任)在给我们讲解习题时有个有意思的套路：不管什么难题现在下面写个"答："，以示自己解决问题的决心，也是一种正向的心理暗示。脚本编写也是有套路的，不过总的来说还是比较简单。
对于简单的脚本(超级简单的那种)，直接几个命令连在一起即可，中间用"；"隔开。
对于更长更复杂的脚本，一般需要创建一个文本，并在里面编辑。这就涉及到了文本编辑器，比较常用和简单的一般有nano和vim，实在很简单，规则也容易理解，教程随手可得，不多说。
比如用vim创建了一个脚本之后，具体的语法(套路)：
ok，脚本写完了，怎么让脚本开始工作呢？这有涉及到之前讲过的环境变量和相对路径、绝对路径了。方法有三：
就这么多吧，应该有点感觉到了，剩下的就是狂练狂练了~
《Linux典藏大系：Linux Shell命令行及脚本编程实例详解》这本书从理论结合实践，全面、系统地介绍了 Linux Shell（Bash）脚本编程的语法、命令、技巧 等内容。
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?pwd=33bh 提取码: 33bh
简介：这是一本关于Linux命令行与shell脚本编程的全方位教程，主要包括四大部分：Linux命令行，shell脚本编程基础，高级shell脚本编程，如何创建实用的shell脚本。本书针对Linux系统的新特性进行了全面更新，不仅涵盖了详尽的动手教程和现实世界中的实用信息，还提供了与所学内容相关的参考信息和背景资料。通过本书的学习，你将轻松写出自己的shell脚本。
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书名：Linux命令行与shell脚本编程大全
作者：Richard Blum
译者：武海峰
豆瓣评分：8.4
出版社：人民邮电出版社
出版年份：2012-9
页数：619
内容简介：
本书是一本关于Linux 命令行与shell 脚本编程的全面教程。全书分为四部分：第一部分介绍Linuxshell 命令行；第二部分介绍shell 脚本编程基础；第三部分深入探讨shell 脚本编程的高级内容；第四部分介绍如何在现实环境中使用shell 脚本。本书不仅涵盖了详尽的动手教程和现实世界中的实用信息，还提供了与所学内容相关的参考信息和背景资料。
本书内容全面，语言简练，示例丰富，适合于Linux 系统管理员及Linux 爱好者阅读参考。
作者简介：
Richard Blum 系统和网络管理员，已经在IT行业工作了22年多。他管理过UNIX、Linux、Novell和微软服务器，用Linux shell脚本进行过自动化网络监测，并在大多数常见的Linux shell环境中写过脚本。他还是一名网络课程讲师，美国各地的多所大学和学院都采用他的Linux基础课程。除本书外，Richard还著有Professional Linux Programming等书。
Christine Bresnahan 系统管理员，已经在IT行业工作了近30年。目前在印第安纳波利斯市的常春藤技术社区学院担任兼职教授，讲授Linux系统管理、Linux安全和Windows安全等课程。
武海峰 Linux系统工程师，兴趣集中在GNU/Linux和移动互联应用，热衷于开源软件。曾在商业Linux厂商任职，从事移动设备操作系统集成和商业Linux发行版集成工作。
