在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：
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通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：
参数的用法介绍：
注意事项：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键
less命令重要的补充用法2 ：
参数用法：
less命令 不加参数 查看文件：
less命令加 -N参数 查看文件：显示行号
less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整
对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。
常见参数:
切记：用less命令，按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前：
排列后：
解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之，uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符
补充小知识 ：
清屏 ：control L
查看历史（输入过的）命令 ：history
linux清屏命令，可以用clear ,也可以用快捷组合键Ctrl + L
也可以增加一个windows下面的cls命令，方法是使用别名：
alias cls='clear'
也可以把这一行写入bash的初始化文件/etc/bashrc中和主目录下面的.bashrc文件中
。
clear
这个命令是用来清除屏幕的，它不需要任何参数，和dos下面的cls具有相同的功能，如果你觉得屏幕太紊乱，就可以使用它清除屏幕上的信息。 ln[link]
这是linux中又一个非常重要命令，请大家一定要熟悉。它的功能是为某一个文件在另外一个位置建立一个不同的链接，这个命令最常用的参数是-s,具体用法是：ln –s源文件目标文件。
当我们需要在不同的目录，用到相同的文件时，我们不需要在每一个需要的目录下都放一个必须相同的文件，我们只要在某个固定的目录，放上该文件，然后在其它的目录下用ln命令链接（link）它就可以，不必重复的占用磁盘空间。例如：ln –s /bin/less /usr/local/bin/less
-s 是代号（symbolic）的意思。
这里有两点要注意：第一，ln命令会保持每一处链接文件的同步性，也就是说，不论你改动了哪一处，其它的文件都会发生相同的变化；第二，ln的链接有软链接和硬链接两种，软链接就是ln –s ** **,它只会在你选定的位置上生成一个文件的镜像，不会占用磁盘空间，硬链接ln ** **,没有参数-s, 它会在你选定的位置上生成一个和源文件大小相同的文件，无论是软链接还是硬链接，文件都保持同步变化。
如果你用ls察看一个目录时，发现有的文件后面有一个@的符号，那就是一个用ln命令生成的文件，用ls –l命令去察看，就可以看到显示的link的路径了。 用于查找文件中符合字符串的那行。
e.g. grep -nr network_ssl ./ [查找当前文件夹下所有文件内容，列出包含有 network_ssl该字串的行，并显示行号]
参数说明： -a ：将 binary 文件以 text 文件的方式搜寻数据
-c ：计算找到 '搜寻字符串' 的次数
-i ：忽略大小写的不同，所以大小写视为相同
-n ：顺便输出行号
-v ：反向选择，亦即显示出没有 '搜寻字符串' 内容的那一行!
-A NUM：同时输出匹配行的后NUM行。
-B NUM：同时输出匹配行的前NUM行。
-C NUM：同时输出匹配行的前、后各NUM行。
-r ：明确要求搜索子目录：grep -r 或忽略子目录：grep -d skip 如果有很多 输出时，您可以通过管道将其转到’less’上阅读：$ grep magic /usr/src/Linux/Documentation/* | less 这样，您就可以更方便地阅读。 find / -name *.txt -print 用于查找所有的‘ *.txt’文件在当前目录及子目录中；
find / -name [A-Z]* -print 用于当前目录及子目录中查找文件名以一个大写字母开头的文件；
find /etc -name host* -print 在/etc目录中查找文件名以host开头的文件；
find / -name [a-z][a-z][0--9][0--9].txt -print 在当前目录查找文件名以两个小写字母开头，跟着是两个数字，最后是.txt的文件；
1、find命令的一般形式为；
find pathname -options [-print -exec -ok ...]
2、find命令的参数；
pathname: find命令所查找的目录路径。例如用.来表示当前目录，用/来表示系统根目录。
-print： find命令将匹配的文件输出到标准输出。
-exec： find命令对匹配的文件执行该参数所给出的shell命令。相应命令的形式为'command' { } \;，注意{ }和\；之间的空格。
-ok： 和-exec的作用相同，只不过以一种更为安全的模式来执行该参数所给出的shell命令，在执行每一个命令之前，都会给出提示，让用户来确定是否执行。
3、find命令选项
-name
按照文件名查找文件。
-perm
按照文件权限来查找文件。
-prune
使用这一选项可以使find命令不在当前指定的目录中查找，如果同时使用-depth选项，那么-prune将被find命令忽略。
-user
按照文件属主来查找文件。
-group
按照文件所属的组来查找文件。
-mtime -n +n
按照文件的更改时间来查找文件， - n表示文件更改时间距现在n天以内，+ n表示文件更改时间距现在n天以前。find命令还有-atime和-ctime 选项，但它们都和-m time选项。
-nogroup
查找无有效所属组的文件，即该文件所属的组在/etc/groups中不存在。
-nouser
查找无有效属主的文件，即该文件的属主在/etc/passwd中不存在。
-newer file1 ! file2
查找更改时间比文件file1新但比文件file2旧的文件。
-type
查找某一类型的文件，诸如：
b -块设备文件。
d -目录。
c -字符设备文件。
p - 管道文件。
l -符号链接文件。
f - 普通文件。
-size n：[c] 查找文件长度为n块的文件，带有c时表示文件长度以字节计。
-depth：在查找文件时，首先查找当前目录中的文件，然后再在其子目录中查找。
-fstype：查找位于某一类型文件系统中的文件，这些文件系统类型通常可以在配置文件/etc/fstab中找到，该配置文件中包含了本系统中有关文件系统的信息。
-mount：在查找文件时不跨越文件系统mount点。
-follow：如果find命令遇到符号链接文件，就跟踪至链接所指向的文件。
-cpio：对匹配的文件使用cpio命令，将这些文件备份到磁带设备中。
另外,下面三个的区别:
-amin n
查找系统中最后N分钟访问的文件
-atime n
查找系统中最后n*24小时访问的文件
-cmin n
查找系统中最后N分钟被改变文件状态的文件
-ctime n
查找系统中最后n*24小时被改变文件状态的文件
-mmin n
查找系统中最后N分钟被改变文件数据的文件
-mtime n
查找系统中最后n*24小时被改变文件数据的文件 功能说明：建立或修改备存文件，或是从备存文件中抽取文件。
语 法：ar[-dmpqrtx][cfosSuvV][a成员文件][b成员文件][i成员文件][备存文件][成员文件]
补充说明：ar可让您集合许多文件，成为单一的备存文件。在备存文件中，所有成员文件皆保有原来的属性与权限。
参 数：
指令参数
-d 删除备存文件中的成员文件。
-m 变更成员文件在备存文件中的次序。
-p 显示备存文件中的成员文件内容。
-q 将文件附加在备存文件末端。
-r 将文件插入备存文件中。
-t 显示备存文件中所包含的文件。
-x 自备存文件中取出成员文件。
选项参数
a成员文件 将文件插入备存文件中指定的成员文件之后。
b成员文件 将文件插入备存文件中指定的成员文件之前。
c 建立备存文件。
f 为避免过长的文件名不兼容于其他系统的ar指令指令，因此可利用此参数，截掉要放入备存文件中过长的成员文件名称。
i成员文件 将文件插入备存文件中指定的成员文件之前。
o 保留备存文件中文件的日期。
s 若备存文件中包含了对象模式，可利用此参数建立备存文件的符号表。
S 不产生符号表。
u 只将日期较新文件插入备存文件中。
v 程序执行时显示详细的信息。
rpm
一种用于互联网下载包的打包及安装工具，它包含在某些Linux分发版中。它生成具有.RPM扩展名的文件，与Dpkg类似。
RPM是RedHat Package Manager（RedHat软件包管理工具）的缩写，这一文件格式名称虽然打上了RedHat的标志，但是其原始设计理念是开放式的，现在包括OpenLinux、S.u.S.E.以及Turbo Linux等Linux的分发版本都有采用，可以算是公认的行业标准了。
常用rpm命令
查询rpm软件包
#rpm -q软件包名
#rpm -qa //查询安装的所有软件包
#rpm -qa|grep软件包字符串
#rpm -qf /bin/命令//查询命令由哪些软件包安装得到
#rpm -qi软件包名 //查询软件包的详细信息
#rpm -ql软件包名 //查询软件包的安装位置
软件包的安装
#rpm -ivh软件包
软件包的升级
#rpm -Uvh软件包
软件包的卸载
#rpm -e软件包名
Linux系统下有两个清屏命令：
clear
这个命令将会刷新屏幕，本质上只是让终端显示页向后翻了一页，如果向上滚动屏幕还可以看到之前的操作信息。一般都会使用这个命令。
reset
这个命令将完全刷新终端屏幕，之前的终端输入操作信息将都会被清空，这样虽然比较清爽，但整个命令过程速度有点慢，使用较少。
Linux是一套免费使用和自由传播的类Unix操作系统，是一个基于POSIX和UNIX的多用户、多任务、支持多线程和多CPU的操作系统。它能运行主要的UNIX工具软件、应用程序和网络协议。它支持32位和64位硬件。Linux继承了Unix以网络为核心的设计思想，是一个性能稳定的多用户网络操作系统。
Linux操作系统诞生于1991 年10 月5 日（这是第一次正式向外公布时间）。Linux存在着许多不同的Linux版本，但它们都使用了Linux内核。Linux可安装在各种计算机硬件设备中，比如手机、平板电脑、路由器、视频游戏控制台、台式计算机、大型机和超级计算机。
华为笔记本清屏键是Fn。Ctrl+A?全选当前对话框里的内容?Ctrl+Z?清空输入框里的文字。也可以Ctrl+A?全选当前对话框里的内容之后点击delete。如果是哪种对话的一般都可以直接关闭你的对话框的形式来完成清屏，对方说话后在打开就可以了。cmd中命令清屏是cls，linux中命令是clear。
