你记住 所有在 引号里面的 东西都是字符串！！！！！
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if("SELECT username,passwd FROM wen WHERE $username=$user,$passwd=$passwd"){
echo "scriptalert('欢迎登录!');window.location.href='index1.php';/script";
}
这一句代码本身就是不通的.
还有就是 你的sql语句也是错误的。
参考如下：
$sql = 'SELECT username,passwd FROM wen WHERE username="'.$user.'" AND passwd="'.$passwd.'"';
$result = mysql_query($sql,$conn);
手动回复，不谢
if($result=mysql_fetch_array($check_query))
这条有错误！
php中，= 和 == 和 === 都不是一回事！
而且，if语句也不能赋值运算
否则，永远不会成立
mysql数据库初始账号是root密码为空，直接用这个账号密码登录就好了。
