针对的企业规模不同：
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SAP Business One针对的是中小微型的业务复杂程度较低的企业客户。
SAP R3（ECC）针对的是中大型的业务较为复杂的跨国、集团性企业客户。
技术架构不同：
SAP Business One是个打包的全面集成的系统，它包含了进销存（供应链）、财务、生产（订单级）、人力资源、客户关系管理（CRM）和系统管理等功能；并且所有功能模块都是默认就有的，购买软件licence以后所有的模块就都有了，不能分模块购买，如果要增强它的功能，SAp和其合作伙伴提供了许多叫做“附加项（ADD-ON）”的功能增强模块，提供了非常灵活的系统扩展性。
SAP R3（ECC）是组件化的系统，它包含了我们常见的：PP、MM、SD、FICO、QM、HR、CRM、ABAP（详细介绍可参考：SAP All-in-One 这篇文章）等等模块化组件供企业按需选择配置。
数据库不同：
SAP Business One是用SQL Server；
SAP R3早期应用的是oracle的数据库，现在应用的是IBM的DB2；
当然，现在也有SAP HANA。
项目复杂度及项目实施周期不同：
SAP Business One的一个中心设计思想就是要简单实用，所以它的定制、使用和实施都非常简单，一般一个项目1~2个月就可以完成了，一个具备基本的计算机操作技能的人能够很快的学会SAP Business One 的基本操作。
SAP R3（ECC）按不同模块，项目的实施周期需要根据企业的实际业务需求评估。
两款产品的联系：
1、都是德国SAP公司旗下的ERP产品，有着相似的管理理念及界面风格；
2、中小企业应用SAP Business One后，业务及规模扩大后可无缝升级为SAP R/3等高端系统；
3、大型企业可以在总部和重要工厂使用SAP R/3，而在小型工厂和分支机构采用SAP B1，这些系统之间可以无缝集成，实现数据共享；
4、 SAP Business One在功能上继承了SAP的主要特点，扩展性和灵活性较高，比如可以自定义流程、可以自定义扩展字段、自定义查询、自定义报表等等。
R/3系统是一个建立在客户机/服务器上功能强大的ERP软件系统。主要功能模块包括：销售和分销、物料管理、生产计划、质量管理、工厂维修人力资源、工业方案、办公室和通信、项目系统、资产管理、控制、财务会计。
R/3的功能涵盖了企业管理业务的各个方面，这些功能模块服务于各个不同的企业管理领域。在每个管理领域，R/3又提供进一步细分的单一功能子模块，例如财务会计模块包括总账、应收账、应付账、财务控制、金融投资、报表合并、基金管理等子模块。
R/3适用的服务器平台是：Nove、Netware、NT Server、0S400、Unix；适用的数据库平台是：IBM DB2、Informix、MS SQL Server、Oracle。
支持的生产经营类型是：按定单生产、批量生产、合同生产、离散型、复杂设计生产、按库存生产、流程型；其用户主要分布在航空航天、汽车、化工、消费品、电器设备、电子、食品饮料等行业。
扩展资料
1972年，SAP诞生，推出了RF系统(实时财务会计系统), 后来命名为R1。R指Real time。3既指第三代系统，又代表3层架构。
R/3系统的组织结构和联机功能相结合而直接引入了具有三个层次的分布式数据处理概念。
中心数据库（Central DB）是存储所有数据和应用程序的，它掌握所有数据库功能，如更新、建库等等，通过修改数据库和进行批处理与应用逻辑层相联接。应用服务器应用服务器 用户服务器用户服务器联接应用服务器的工作站、PC机和终端，它们用来作为输入和显示数据的。
R/3应用最大的特性就是其高度集成性。标准化的用户界面，标准化的数据管理，控制和分布处理的标准化概念，标准化接口，标准化的开发方法共同保证了应用模块能进行无缝连接。所有这些都是通过在最低层软件的共享层，即基础软件的基础上建立一些应用来达到的。
参考资料来源：百度百科-R/3系统
SAP R/3是一个基于客户/服务机结构和开放系统的、集成的企业资源计划系统（Enterprise Resource Planning，简称：ERP）软件，其功能涵盖企业的财务
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