新建一个文件，名字为test(自己定义的名字)
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nano test.sh
在里面编写脚本
程序必须以下面的行开始（必须方在文件的第一行）：
#!/bin/sh
符号#!用来告诉系统它后面的参数是用来执行该文件的程序。在这个例子中使用/bin/sh来执行程序。
(能写一些shell普通命令，命令用分号隔开)
例子：
#! /bin/bash
# shutdown pc
sudo
shutdown +1
执行方法
(1)在控制台输入命令执行：
sh
test.sh
(2)先给脚本可执行权限，双击执行：
右键此文件，选择属性－权限，最下方会有一个“允许以程序执行文件”，将这一项勾选，就可以了。
或在命令行下附予权限：
chmod 777
test.sh 或： chmod +x test.sh
linux 命令:
1.后台运行程序: 例如updatedb 可以设为updatedb.就是 在运行的程序 后加
2.弹出/入光驱: eject -r eject -t
3.禁止写文件:chattr+ifilename
4.显示最近的登陆用户: last
5.清空日志:cat/der/null *.log
6.杀死指定的进程:killall processname
7.查看进程:pa -e
ps -ef
QQ.348859476 E_emil:dongdong_282@sina.com
你可以在两条或者多条命令之间加上分号。比如，你想在/下创建一个文件夹，然后再给这个文件夹里面创建一个文件，在给这个文件一个777权限。就可以这么写：
mkdir
/test;touch
/test/1.txt;chmod
777
/test/1.txt
还有就是管道符。管道符是连接几个命令的。管道符左边的命令是输出，管道符右边的命令式对左边输出的一个输入（有的时候可以理解为一个条件）
比如，有一个文件有100行（假设是/a.txt)，你只想查看第二十五行，就可以这么写：
head
-25
/a.txt
|
tail
-1
那么管道符的左边“head
-25
/a.txt"的意思是查看这个文件的前25行，
管道符的右边是查看倒数第一行，
那么这个命令连起来就可以理解为查看这个文件的前25行中的倒数第一行，也就是第二十五行。
指定一台主机作为信任主机，这样从这台主机登录其他机器就不需要密码了。
设置信任主机：
假设有四台机器：192.168.2.1~192.168.2.4，其中192.168.2.1为信任机，那么在192.168.2.1上运行如下命令：
$ssh-keygen -t rsa //此处一路回车,生成秘钥
$scp .ssh/id_rsa.pub 192.168.2.2:~/ //把秘钥拷贝到其他远程机器
$ssh 192.168.2.2 ‘cat id_rsa.pub .ssh/authorized_keys’ //(远程执行命令)在远程机器上生成认证文件
经过这几步，从192.168.2.1 ssh登陆192.168.2.2时，就不会再需要输入密码了。同样的步骤再执行3、4的极其。
文本文件hostlist可以如下
192.168.2.2
192.168.2.3
192.168.2.4
#!/bin/shdoCommand(){
hosts=`sed -n'/^[^#]/p'hostlist`
for host in $hosts
do
echo ""
echo HOST$host
ssh $host "$@"
done
return 0
}
if [ $# -lt 1 ]
then
echo "$0cmd" exit
fi
do Command "$@"
echo "return from doCommand"
执行命令（记得先对doCommand.s
h增加执行权限 chmod u+x doCommand.sh）
./doCommand.sh “ls -al /root/”
这样该脚本就会在每台机器上执行”ls -al /root/”这个命令，并返回结果在信任主机上。
基本语法：
for i in ;
do；
done
1、处理文件夹下的所有文件：
for i in $(ls /public/home/fengting/demo/pan69/sort_bam);
2、简单的for循环：
for ((i=1;i=33;i++));
do ngmlr -t 10 -r /public/home/fengting/database/reference/rice/IRGSP-1.0_genome.fasta -q /public/home/fengting/data/hhz/H7L$i.arrow.polish.fasta -o /public/home/fengting/data/rihhz/H7L$i.sam
