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GOplot 可视化基因富集分析结果

上图中:X轴是z-score; Y轴是多重矫正后p值的负对数;圈大小展示GO Term下基因数。

公司主营业务:网站设计制作、成都网站设计、移动网站开发等业务。帮助企业客户真正实现互联网宣传,提高企业的竞争能力。创新互联是一支青春激扬、勤奋敬业、活力青春激扬、勤奋敬业、活力澎湃、和谐高效的团队。公司秉承以“开放、自由、严谨、自律”为核心的企业文化,感谢他们对我们的高要求,感谢他们从不同领域给我们带来的挑战,让我们激情的团队有机会用头脑与智慧不断的给客户带来惊喜。创新互联推出汉源免费做网站回馈大家。

默认展示circ 数据前10个GO Term,通过参数 nsub 调整需要展示的GO Term

chord_dat ()将作图数据构建成GOChord() 要求的输入格式;一个二进制的关系矩阵, 1 表示基因属于该GO Term, 0 与之相反。

nlfc = 1 :颜色对应logFC

nlfc = 0 :颜色对应每个基因注释了到了几个GO Term

GOplot by Wencke Walter

[R语言] GO富集分析可视化 GOplot::GOCircle

查看GOplot内示例数据的格式,对自己的数据做处理

观察结论:

观察自己的两个数据表:

table.legend 设置为T时会显示表格

本图中表格和图例是出图后剪切拼合而成,没有用R中的拼图包

go语言postgresql数据库驱动怎么用

PostgreSQL和MySQL比较,它更加庞大一点,因为它是用来替代Oracle而设计的。所以在企业应用中采用PostgreSQL是一个明智的选择。

现在MySQL被Oracle收购之后,有传闻Oracle正在逐步的封闭MySQL,,鉴于此,将来我们也许会选择PostgreSQL而不是MySQL作为项目的后端数据库。

1、驱动

Go实现的支持PostgreSQL的驱动也很多,因为国外很多人在开发中使用了这个数据库。

支持database/sql驱动,纯Go写的

支持database/sql驱动,纯Go写的

支持database/sql驱动,纯Go写的

在下面的示例中我采用了第一个驱动,因为它目前使用的人最多,在github上也比较活跃。

2、实例代码

数据库建表语句:

复制代码

CREATE TABLE userinfo

(

uid serial NOT NULL,

username character varying(100) NOT NULL,

departname character varying(500) NOT NULL,

Created date,

CONSTRAINT userinfo_pkey PRIMARY KEY (uid)

)

WITH (OIDS=FALSE);

CREATE TABLE userdeatail

(

uid integer,

intro character varying(100),

profile character varying(100)

)

WITH(OIDS=FALSE);

复制代码

看下面这个Go如何操作数据库表数据:增删改查

复制代码

package main

import (

"database/sql"

"fmt"

_ "github.com/bmizerany/pq"

)

func main() {

db, err := sql.Open("postgres", "user=astaxie password=astaxie dbname=test sslmode=disable")

checkErr(err)

//插入数据

stmt, err := db.Prepare("INSERT INTO userinfo(username,departname,created) VALUES($1,$2,$3) RETURNING uid")

checkErr(err)

res, err := stmt.Exec("astaxie", "研发部门", "2012-12-09")

checkErr(err)

//pg不支持这个函数,因为他没有类似MySQL的自增ID

id, err := res.LastInsertId()

checkErr(err)

fmt.Println(id)

//更新数据

stmt, err = db.Prepare("update userinfo set username=$1 where uid=$2")

checkErr(err)

res, err = stmt.Exec("astaxieupdate", 1)

checkErr(err)

affect, err := res.RowsAffected()

checkErr(err)

fmt.Println(affect)

//查询数据

rows, err := db.Query("SELECT * FROM userinfo")

checkErr(err)

for rows.Next() {

var uid int

var username string

var department string

var created string

err = rows.Scan(uid, username, department, created)

checkErr(err)

fmt.Println(uid)

fmt.Println(username)

fmt.Println(department)

fmt.Println(created)

}

//删除数据

stmt, err = db.Prepare("delete from userinfo where uid=$1")

checkErr(err)

res, err = stmt.Exec(1)

checkErr(err)

affect, err = res.RowsAffected()

checkErr(err)

fmt.Println(affect)

db.Close()

}

func checkErr(err error) {

if err != nil {

panic(err)

}

}

复制代码

从上面的代码我们可以看到,PostgreSQL是通过$1,$2这种方式来指定要传递的参数,而不是MySQL中的?,另外在sql.Open中的dsn信息的格式也与MySQL的驱动中的dsn格式不一样,所以在使用时请注意它们的差异。

还有pg不支持LastInsertId函数,因为PostgreSQL内部没有实现类似MySQL的自增ID返回,其他的代码几乎是一模一样

GO语言(三十):访问关系型数据库(上)

本教程介绍了使用 Godatabase/sql及其标准库中的包访问关系数据库的基础知识。

您将使用的database/sql包包括用于连接数据库、执行事务、取消正在进行的操作等的类型和函数。

在本教程中,您将创建一个数据库,然后编写代码来访问该数据库。您的示例项目将是有关老式爵士乐唱片的数据存储库。

首先,为您要编写的代码创建一个文件夹。

1、打开命令提示符并切换到您的主目录。

在 Linux 或 Mac 上:

在 Windows 上:

2、在命令提示符下,为您的代码创建一个名为 data-access 的目录。

3、创建一个模块,您可以在其中管理将在本教程中添加的依赖项。

运行go mod init命令,为其提供新代码的模块路径。

此命令创建一个 go.mod 文件,您添加的依赖项将在其中列出以供跟踪。

注意: 在实际开发中,您会指定一个更符合您自己需求的模块路径。有关更多信息,请参阅一下文章。

GO语言(二十五):管理依赖项(上)

GO语言(二十六):管理依赖项(中)

GO语言(二十七):管理依赖项(下)

接下来,您将创建一个数据库。

在此步骤中,您将创建要使用的数据库。您将使用 DBMS 本身的 CLI 创建数据库和表,以及添加数据。

您将创建一个数据库,其中包含有关黑胶唱片上的老式爵士乐录音的数据。

这里的代码使用MySQL CLI,但大多数 DBMS 都有自己的 CLI,具有类似的功能。

1、打开一个新的命令提示符。

在命令行,登录到您的 DBMS,如下面的 MySQL 示例所示。

2、在mysql命令提示符下,创建一个数据库。

3、切到您刚刚创建的数据库,以便您可以添加表。

4、在文本编辑器的 data-access 文件夹中,创建一个名为 create-tables.sql 的文件来保存用于添加表的 SQL 脚本。

将以下 SQL 代码粘贴到文件中,然后保存文件。

在此 SQL 代码中:

(1)删除名为album表。 首先执行此命令可以让您更轻松地稍后重新运行脚本。

(2)创建一个album包含四列的表:title、artist和price。每行的id值由 DBMS 自动创建。

(3)添加带有值的四行。

5、在mysql命令提示符下,运行您刚刚创建的脚本。

您将使用以下形式的source命令:

6、在 DBMS 命令提示符处,使用SELECT语句来验证您是否已成功创建包含数据的表。

接下来,您将编写一些 Go 代码进行连接,以便进行查询。

现在你已经有了一个包含一些数据的数据库,开始你的 Go 代码。

找到并导入一个数据库驱动程序,该驱动程序会将您通过database/sql包中的函数发出的请求转换为数据库可以理解的请求。

1、在您的浏览器中,访问SQLDrivers wiki 页面以识别您可以使用的驱动程序。

2、使用页面上的列表来识别您将使用的驱动程序。为了在本教程中访问 MySQL,您将使用 Go-MySQL-Driver。

3、请注意驱动程序的包名称 - 此处为github.com/go-sql-driver/mysql.

4、使用您的文本编辑器,创建一个用于编写 Go 代码的文件,并将该文件作为 main.go 保存在您之前创建的数据访问目录中。

5、进入main.go,粘贴以下代码导入驱动包。

在此代码中:

(1)将您的代码添加到main包中,以便您可以独立执行它。

(2)导入 MySQL 驱动程序github.com/go-sql-driver/mysql。

导入驱动程序后,您将开始编写代码以访问数据库。

现在编写一些 Go 代码,让您使用数据库句柄访问数据库。

您将使用指向结构的指针sql.DB,它表示对特定数据库的访问。

编写代码

1、进入 main.go,在import您刚刚添加的代码下方,粘贴以下 Go 代码以创建数据库句柄。

在此代码中:

(3)使用 MySQL 驱动程序Config和FormatDSN类型以收集连接属性并将它们格式化为连接字符串的 DSN。

该Config结构使代码比连接字符串更容易阅读。

(4)调用sql.Open 初始化db变量,传递 FormatDSN。

(5)检查来自 的错误sql.Open。例如,如果您的数据库连接细节格式不正确,它可能会失败。

为了简化代码,您调用log.Fatal结束执行并将错误打印到控制台。在生产代码中,您会希望以更优雅的方式处理错误。

(6)调用DB.Ping以确认连接到数据库有效。在运行时, sql.Open可能不会立即连接,具体取决于驱动程序。您在Ping此处使用以确认 database/sql包可以在需要时连接。

(7)检查来自Ping的错误,以防连接失败。

(8)Ping如果连接成功,则打印一条消息。

文件的顶部现在应该如下所示:

3、保存 main.go。

1、开始跟踪 MySQL 驱动程序模块作为依赖项。

使用go get 添加 github.com/go-sql-driver/mysql 模块作为您自己模块的依赖项。使用点参数表示“获取当前目录中代码的依赖项”。

2、在命令提示符下,设置Go 程序使用的DBUSER和DBPASS环境变量。

在 Linux 或 Mac 上:

在 Windows 上:

3、在包含 main.go 的目录中的命令行中,通过键入go run来运行代码。

连接成功了!

接下来,您将查询一些数据。


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