1、检查你的机器是否中毒了，病毒程序占用的资源随着时间的推移会越来越大；
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2、不建议使用mysql_pconnect，若未能很好地释放资源，会导致mysql下的空连接会越来越多，当然会导致你的系统出问题了；
3、不排除其他可能，看不到代码没法更准确定位。
连接语句怎么写的，是不是用的域名，建议用IP，例如：
mysql_connect('127.0.0.1', 'root', '123456');
你写代码的时候注意 HTML格式 和CSS格式。不要把所有内容都写到同一个DIV中间，这样东西多的时候就会卡住。要分层次显示，另外碰到数据库查询文字非常多的你还可以使用AJAX 返回数据 这样HTML就可以很快的显示 显示完毕才去读数据库这样速度会快很多。至于楼上说的 缓存 数据库存储过程 可以参考一下，不过一般企业站不需要考虑。碰到大站在线100人以上的才会做。
1.建立索引，尽可能把索引建立到你你经常比较的字段上，如select
a,b,c,d
from
a
where
索引字段＝值，这个索引字段最好是数值型数据
2.慢有更多情况，
情况1：远程查询，其实可能查询不慢，由于数据量大，传输过程慢
情况2：WHERE
后面的比较数据太多，比如
like
类的语句
情况3：需要哪个字段只取那个字段就行了，比如select
*
from
a与select
b,c,d
from
a速度是有差距的
3.数据库定期维护，压缩，把不常用的数据备份后放入备份库里，查询时查备份库等
问题补充：
.第一条：建立索引，怎么建立，我也听说过，但不知道怎么使用
答：每种数据建立索引的方法有差异，比如SQL
SERVER
2000中可对多个字段进行索引，比如SQL
SERVER2000中有命令
CREATE
INDEX
为给定表或视图创建索引。
只有表或视图的所有者才能为表创建索引。表或视图的所有者可以随时创建索引，无论表中是否有数据。可以通过指定限定的数据库名称，为另一个数据库中的表或视图创建索引。
语法
CREATE
[
UNIQUE
]
[
CLUSTERED
|
NONCLUSTERED
]
INDEX
index_name
ON
{
table
|
view
}
(
column
[
ASC
|
DESC
]
[
,...n
]
)
[
WITH
index_option
[
,...n]
]
[
ON
filegroup
]
index_option
::=
{
PAD_INDEX
|
FILLFACTOR
=
fillfactor
|
IGNORE_DUP_KEY
|
DROP_EXISTING
|
STATISTICS_NORECOMPUTE
|
SORT_IN_TEMPDB
}
第三条：数据库定期维护，压缩：怎么个压缩法？及时备份数据到备份库查询备份库，那查询时不是还慢吗？
答：这个有压缩工具，基本上每种数据库都有自己的压缩数据库的工具
初步判断是因为你sql执行次数过多。
你的每条记录都进行了一次校验sql，通过的还要导入，所以说至少有100万条sql吧，一起执行多条sql，是要快于逐条执行每个sql 。
建议你在php中处理好全部的sql，用BEGIN END链接起来一起执行，试试看，格式如下
BEGIN
sql1;
sql2;
sql3
...
sql100w;
END;
数据库的读取能一次查询完成的尽量不要分成多次查询
不知道你用的是什么框架,如果有where_in方法的话可以用它来解决,先要构造出order_sn值的数组
没有的话就自己构造'or'条件字符串,然后用where一次查询完成
