这篇文章主要为大家展示了“HLAreporter软件有什么用”，内容简而易懂，条理清晰，希望能够帮助大家解决疑惑，下面让小编带领大家一起研究并学习一下“HLAreporter软件有什么用”这篇文章吧。
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在前面的文章中，我们详细介绍了HLA Allel的命名格式，示意图如下
从示意图可以看出，一个HLA Allel 可以分成四个字段，在加上最后的修饰后缀，共5个字段；在定义HLA 分型结果的分辨率时，会根据分型结果的最大位数来判断，如果只给出了字段一，即血清学分类的信息，代表是2位的分型结果；如果最多给出了字段二，即对应的蛋白信息，代表是4位的分型结果；如果最多给出了字段三，即CDS区信息，代表是8位的分型结果；如果分型结果给出了最后的后缀，代表是9位的分型结果。
HLA分型的技术手段很多，比如芯片，高通量测序等；不同手段识别到的HLA Allel 分辨率不同，如果只能给出2位的分型结果，则属于低分辨率；如果给出4位分型结果，属于中分辨率；能够给出8位或以上分型结果，属于高分辨率。
本篇文章主要介绍HLA reporter 软件，该软件可以利用高通量测序的结果进行HLA 分型。其分型结果分辨率高，最多可到9位。下图是该软件与其他同类软件的比较结果
可以看到，在测试样本中，HLAreporter 软件分型结果由于HLAminer 的结果。该截图来自于官方文献，链接如下
https://genomemedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13073-015-0145-3
软件的官网如下
http://paed.hku.hk/genome/software.html
安装过程如下
wget http://paed.hku.hk/genome/software/HLAreporter.zip unzip HLAreporter.zip cd HLAreporter.v103
HLAreporter.sh就是该软件的运行脚本。其原理如下
由于HLA的多态性，直接比对reads到参考基因组是不行的 ，HLAreporter 设计了一个CRP(comprehensive reference panel)参考基因组 , CRP 构建时参考了IMGT/HLA 数据库中已知的HLA Allel信息，通过bwa将reads与CRP比对，提取比对到某个HLA基因的reads,然后进行组装，将组装的contig与数据库比较，确定最终的Allel。
该软件的用法如下
bash HLAreporter.sh test HLA_B test.R1.fq test.R2.fq
第一个参数test代表样本名称；第二个参数代表检测的HLA基因，第三个和第四个参数代表双端测序的fastq序列。
整个pipeline 分成了3个部分
当你提供了原始的fastq 数据时，会自动调用4digit_map_HLA.sh脚本进行比对
该脚本核心内容如下
bwa aln exon23_high_resolution_multi_ref.fa $1 > $3_1_exon23_high_resolution_multi_ref.sai bwa aln exon23_high_resolution_multi_ref.fa $2 > $3_2_exon23_high_resolution_multi_ref.sai bwa sampe exon23_high_resolution_multi_ref.fa $3_1_exon23_high_resolution_multi_ref.sai $3_2_exon23_high_resolution_multi_ref.sai $1 $2 > $3_exon23_high_resolution_multi_ref.sam samtools view -bS $3_exon23_high_resolution_multi_ref.sam > $3_exon23_high_resolution_multi_ref.bam samtools view -b -F 4 $3_exon23_high_resolution_multi_ref.bam > $3_exon23_high_resolution_multi_ref_mappedreads.bam samtools sort $3_exon23_high_resolution_multi_ref_mappedreads.bam $3_exon23_high_resolution_multi_ref_mappedreads_sorted samtools index $3_exon23_high_resolution_multi_ref_mappedreads_sorted.bam
$1和$2分别对应双端测序的R1和R2端reads, $3表示样本名称，通过调用bwa sampe，将原始的双端reads与exon23_high_resolution_multi_ref.fa比对，生成exon23_high_resolution_multi_ref_mappedreads_sorted.bam 文件。
对于HLA-A , HLA-B, HLA-C 这三个I型基因而言，调用4digit_predict_classI_ssake.sh脚本；对于HLA II 型基因，调用4digit_predict_classII_main.sh脚本。
利用ANFD数据库中的信息，给出每个Allel在不同人群中的频率，通过脚本HLAfreq.sh实现。
最终输出结果保存在results目录下，示意如下
------------------------------------------------------------------ HLAreporter version 1.03 Report created Fri Apr 17 11:24:24 HKT 2015 ------------------------------------------------------------------ Allele DRB1*01:01:01G Allele DRB1*04:07:01G Phase DRB1*04:08:01 Alleles detected DRB1*01:01:01G DRB1*01:17 DRB1*04:08:01 DRB1*04:07:01G Gap location: 97 208 Non-polymorphic gap: 111 bp HLA data quality profile: 10xcov% 100 20xcov% 100 30xcov% 97 50xcov% 89 ------------------------------------------------------------------ HLA allele frequency Four populations in Europe China Japan Africa are shown By allele frequency net database (www.allelefrequencies.net) ------------------------------------------------------------------ [Allele] [EUR] [CHN] [JPN] [AFR] DRB1*01:01 0.0860 0.0230 0.0582 0.0130 DRB1*04:07 0.0112 0.0030 0.0057 0.0030 DRB1*04:08 0.0039 0.0020 0.0000 0.0000 DRB1*01:17 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
HLAreporter目前只支持对以下11个基因的分型
HLA_A
HLA_B
HLA_C
HLA_DRB1
HLA_DRB2
HLA_DRB3
HLA_DRB4
HLA_DRB5
HLA_DQB1
HLA_DPB1
HLA_DQA1
以上是“HLAreporter软件有什么用”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注创新互联行业资讯频道！
