这篇文章将为大家详细讲解有关如何利用R语言的ggplot包绘制火山图，小编觉得挺实用的，因此分享给大家做个参考，希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获。
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火山（Volcano Plot）图在一张图中显示了两个重要的指标（Fold change/pvalue），可以非常直观且合理地筛选出在两样本间发生差异表达的基因。检验分析出两样本间显著差异表达的基因后，以log2（fold change）为横坐标，以T检验显著性检验P值的负对数-log10（pvalue）为纵坐标，即可得火山图（Volcano Plot）。
> install.packages("ggplot2")
> library(ggplot2)
> R0_vs_R3_isoforms_fitter <- read_excel("~/Downloads/R0-vs-R3.isoforms.fitter.xlsx")
> data <- R0_vs_R3_isoforms_fitter
> r03 <-ggplot(data,aes(log2FC,-1*log10(FDR)))
> r03 + geom_point()
运行过程数据及图片：
改变点的颜色：
> r03 + geom_point(color="red")
> r03 + geom_point(aes(color="red"))
> r03 + geom_point(aes(color=significant))
设置标题，坐标轴范围
>r03+geom_point(aes(color=significant))+xlim(-4,4)+ylim(0,30)
>r03xy=r03+geom_point(aes(color=significant))+xlim(-4,4)+ylim(0,30)
> r03xy + labs(title="Volcano plot",x="log2(FC)")
> r03xy + labs(title="Volcanoplot",x=expression(log[2](FC),y=expression(-log[10](FDR))))
自定义颜色
> r03xy + labs(title="Volcanoplot",x=expression(log[2](FC),y=expression(-log[10](FDR))))
> r03xyc = r03xy+labs(title="Volcanoplot",x=expression(log[2](FC)), y=expression(-log[10](FDR)))
> r03xyc + scale_color_manual(values =c("green","black", "red"))
>r03xyc + scale_color_manual(values =c("green","blue", "red"))
> volcano = r03xyc +scale_color_manual(values = c("green","blue","red"))
>volcano+geom_hline(yintercept=1.3)+geom_vline(xintercept=c(-1,1))
>volcano+geom_hline(yintercept=1.3,linetype=4)+geom_vline(xintercept=c(-1,1),linetype=4)
保存图片:
>ggsave("volcano.png")
>ggsave("volcano8.png",volcano,width=8,height=8)
关于“如何利用R语言的ggplot包绘制火山图”这篇文章就分享到这里了，希望以上内容可以对大家有一定的帮助，使各位可以学到更多知识，如果觉得文章不错，请把它分享出去让更多的人看到。
