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CistromeDB数据库有什么用

这篇文章主要介绍了Cistrome DB数据库有什么用,具有一定借鉴价值,感兴趣的朋友可以参考下,希望大家阅读完这篇文章之后大有收获,下面让小编带着大家一起了解一下。

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Cistrome的目标是提供一个基因组顺式作用元件分析的综合性数据库,通过收集来自GEO,ENCODE等公共数据库中的chip_seq,  DNase_seq, ATAC_seq 原始数据,采用统一的分析方法,用bwa比对参考基因组,然后采用macs2进行peak calling, 将分析的结果加以整合,做成了在线数据库,整个数据库的构建过程和功能模块示意如下

Cistrome DB数据库有什么用

网址如下

http://cistrome.org/db/

该数据库中收录的人和小鼠的相关数据汇总如下

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从数量来看,cistrome可以说的上是收录的chip类型最多的数据库了。

通过首页的检索工具,我们可以查看特定数据分析结果,可以通过关键词检索,也可以通过物种,来源,因子类型一步步限定搜索范围,示意如下

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在检索结果中勾选感兴趣的数据集,可以查看详细信息,以一个CTCF转录因子的chip数据为例,结果包含以下几个部分

1. QC  report

数据的QC情况,包括unique mapping比例,PBC, FRiP, peak在exon等基因组区域的分布比例等,示意如下

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2. motif

motif分析结果,示意如下

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点击每个motif的编号,可以查看详细信息,示意如下

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3. putative  target gene

潜在的靶基因,示意如下

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同时还可以在基因组浏览器中查看数据的分布,也可以下载分析的结果文件,示意如下

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ToolKit菜单则提供了更加丰富的分析工具,具体如下

  1. 输入基因名称, 查看有哪些转录因子可能调控该基因

  2. 输入基因组区域,查看有哪些转录因子可能结合在该区域

  3. 输入peak结果,查看哪些转录因子的结果与你的输入结果有明显的overlap,可以用于转录因子的colocation分析

以第一个功能为例,输入基因,确定TSS上下游的范围作为潜在的调控区域,然后提交运行即可

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除了table格式的结果外,还提供了图片形式的结果展现,示意如下

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