今天就跟大家聊聊有关GEO数据库中的platform信息是怎样的，可能很多人都不太了解，为了让大家更加了解，小编给大家总结了以下内容，希望大家根据这篇文章可以有所收获。
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GEO数据库中的platform代表测序平台或者芯片平台，每一个platform用GPL开头的编号唯一标识。对于一个platform而言，通常包含以下3种文件
soft
miniml
suppl
以GPL20814为例，链接如下
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL20814
soft和miniml都是表示该platform的基础信息，比如GPL编号，上传日期等，soft文件的部分内容如下
^DATABASE = GeoMiame !Database_name = Gene Expression Omnibus (GEO) !Database_institute = NCBI NLM NIH !Database_web_link = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo !Database_email = geo@ncbi.nlm.nih.gov ^PLATFORM = GPL20814 !Platform_title = Human miRNA Array miRbase release 19 !Platform_geo_accession = GPL20814 !Platform_status = Public on Jun 12 2017 !Platform_submission_date = Aug 18 2015 !Platform_last_update_date = Jun 12 2017
在soft文件中，每种类别的信息以^开头，常见的类别如下所示
DATABASE
PLATFORM
SAMPLE
SERIES
DATABASE代表GEO数据库的基本信息，PLATFORM代表该平台的基本信息，SAMPLE代表用该平台得到的样本信息，SERIES代表使用该平台得到的一组样本。
在每种类别中，!开头代表一种类型的信息，常规格式为key = value, 比如
Platform_geo_accession = GPL20814
对于芯片平台而言，还会提供探针和基因之间的对应关系等信息，在对应的网页上，我们可以看到如下的表格
这部分内容在soft文件中也是存在的，示意如下
!platform_table_begin ID Reporter Name miRNA_ID SPOT_ID 272 hsa-miR-99b-5p MIMAT0000689 271 hsa-miR-99b-3p MIMAT0004678 270 hsa-miR-99a-5p MIMAT0000097 269 hsa-miR-99a-3p MIMAT0004511 268 hsa-miR-98-5p MIMAT0000096 ... !platform_table_end
采用配对的两个!叹号来表示数据的开始和结束，在中间存放对应的表格数据。
miniml中的内容和soft是一样的，只是用XML格式来存储上述信息，而supplement file则是由提交者自己上传的一些补充文件，没有明确的格式。
看完上述内容，你们对GEO数据库中的platform信息是怎样的有进一步的了解吗？如果还想了解更多知识或者相关内容，请关注创新互联行业资讯频道，感谢大家的支持。
