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云主机系统最常见的是Windows和Linux，至于选用哪种好还要具体看个人习惯、操作环境和配置等。
选择云主机的操作系统时，要遵循使用便利的原则，对哪种操作系统熟悉，会操作哪种系统就选择哪种，这样有利于快速配置服务器环境和建设网站。
WindowsServer系统
通常来说，Windows系统更占内存，对配置要求更高，不过由于是图形化界面，使用起来比较方便。在程序支持方面，ASP，asp.net等语言程序软件多使用windows系统。window系统中常用的有Server 2003 sp2以及Server 2008 R2这两大类，其中又分为32位和64位。
如果网站要使用高于4GB的内存或者以后有扩充内存到4GB以上的打算，使用64位操作系统。32位系统相比64位系统，最主要的限制体现在内存大小上。32位操作系统最大只可支持到4GB内存。在易用性方面，Windows做的很好，相比其他云服务器系统来说，极大的降低了使用者的学习成本。
Linux系统
最大的特点是开源，开源就是所有人共同监督，一套成熟的方案几乎很少出现漏洞。另外，linux还有一套完整的权限机制，没有相关权限，想要对系统造成破坏根本无从下手，安全性和稳定性相对较高，受到中高级开发人员的青睐。在程序支持方面，Linux系统对PHP支持较好，适合市面上大多数的开源软件。
对于linux操作系统，创新互联提供Centos、Ubuntu 、Debian三种操作系统。Centos操作系统的最大特点就是稳定。免费使用，服务收费。Debian用的deb包，使用APT包管理系统。Debian的优点在于更新迅速，软件包完善，操作便利。Ubuntu是基于Debian开发，可以认为是Debian的功能加强版。与Debian相比，Ubuntu提供了更人性化系统配置，更强大的系统操作以及更激进的软件更新。
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